S'il est possible d'inscrire une clause de neutralité au règlement intérieur, les conditions posées par la loi et la jurisprudence sont très strictes.
L’affaire concernait une candidate à l’agrégation de SVT rapporte le site spécialisé ToutÉduc. Elle passait ce concours en 2012 et n’avait pas participé à une épreuve de travaux pratiques qui se tenait un samedi matin pour raisons religieuses. Elle estimait cependant que ses notes étaient suffisantes pour qu’elle obtienne tout de même ce concours. Elle plaidait que son élimination violait les principes d’égal accès à la fonction publique, d’égalité, et de liberté religieuse. Le Tribunal administratif de Paris a rejeté sa requête en mars 2016.
La Cour administrative d’appel a elle aussi rejeté la demande pour plusieurs motifs, notamment les difficultés d’organisation des épreuves de travaux pratiques qui peuvent donc justifier certaines restrictions à la liberté de conscience. Les juges indiquent que la règle d’élimination en cas d’absence est valable pour tous les candidats et qu’elle ne viole donc pas le principe d’égal accès à la fonction publique.
De manière générale, les établissements veillent à ce que les examens n’aient pas lieu un jour de fête religieuse. La circulaire du 10 février 2012 indique les dates des principales fêtes musulmanes, juives, orthodoxes, bouddhistes. Dans un Avis sur la gestion du fait religieux dans les établissements de l’enseignement supérieur public, de décembre 2015, l’Observatoire de la laïcité indiquait avoir fait remonter une trentaine de demandes d’adaptation du calendrier pour que les examens ne coïncident ni avec une fête religieuse, ni avec un jour de repos religieux – en particulier le samedi, jour de shabbat dans la tradition religieuse juive. Ces demandes restent marginales par rapport aux deux millions d’étudiants des 130 établissements publics interrogés par l’Observatoire.